應用常規技術生產疫苗存在著抗原來源困難、有副作用和不夠安全等問題。例如，第一代的乙型肝炎疫苗是從乙型肝炎病毒陽性帶毒者血清中分離純化的乙型肝炎表面抗原，但血源疫苗來源有限，價格昂貴，且有潛在的不安全性，還可能傳播艾滋病。因此，致力于基因工程生產疫苗的科學家遍布世界各國。１９７９年英國愛丁堡大學麥萊實驗室首先使乙型肝炎病毒表面抗原基因在大腸桿菌中表達，但產量很低。１９８３年通過國際合作終于使酵母菌生產乙型肝炎病毒表面抗原的實驗研究取得成功，１９８６年美國食品與藥物管理局批準美國默克公司生產這種基因工程乙型肝炎疫苗。由于疫苗成分中只有乙型肝炎病毒表面抗原，副作用極小，安全性很好，被稱為第二代乙型肝炎疫苗，是迄今基因工程最成功的例子之一。此外，丙型肝炎疫苗以及狂犬病、麻疹、霍亂、破傷風、百日咳、小兒麻痹癥、白喉、麻風等基因工程疫苗都在研究之中。中國已于１９９２年將基因工程乙型肝炎疫苗確定為全國新生兒普種的疫苗產品，還組建了含接近完整的甲型肝炎病毒互補ＤＮＡ的質粒。
